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发夹结构是茎环结构吗

　　发夹结构是茎环结构的。

　　发卡型的单链结构，单链回折形成局部小双螺旋。也称茎环结构或球环结构。

　　tRNA的二级结构：单链内某些区域靠氢键配对形成局部双链，并折叠形成其二级结构-三叶草型结构

怎么看能不能形成发夹结构呢

　　如果两对引物在结构上不能互补，单条的引物不能形成发夹结构。

　　如果两对引物在结构上能互补，单条的引物就能形成发夹结构。

　　发夹结构一般指发卡结构，DNA分子自身回折，部分碱基彼此靠近，折叠区域内碱基互补配对，回折部分就形成了发卡结构。

　　金属发夹中铁制的发夹已极少见，但用弹性较好的扁钢丝制成的发卡却极为普遍。

　　铜制的发夹不会生锈，且有金子般的光泽，这种发夹美观实用，很受人们欢迎。

在做primer design的时候，怎么判断引物有没有形成发夹结构？在design时，不能形成引

　　（1）看引物序列里有无回文序列。

　　（2）不是的，引物二聚体的产生原因比较多，其中很重要的一个就是引物自身的原因，也就是设计的引物特异性不好，不能有效的和模板进行结合，而出现引物自身配对结合的情况导致二聚提的出现；其次还可能是PCR体系及反应条件的问题，如果PCR体系中引物、镁离子以及酶浓度过高等，都容易产生二聚体，这时要适当降低浓度，比如20uLPCR体系中，一般10pmol/ul的引物，加0.2ul就可以了；还有可能是退火温度的问题，可以做个梯度PCR或降落PCR，来摸索一个合适的退火温度，也可有效地减少二聚提的出现。

　　引物设计可以使用Primer Premier 5.0，操作比较简便，同时它可以自动分析引物是否有发夹结构、引物二聚体等，非常方便。