不会，头皮擦碘伏是不会伤害毛囊的。
1.碘伏是一种常见的消毒液，具有广谱的杀菌作用，可杀灭细菌繁殖体、原虫和部分病毒以及真菌。其毒性比较低，没有腐蚀性，毛囊位于真皮和皮下组织中，所以，头皮擦碘伏对毛囊一般是比较安全的，不会伤害毛囊。
2.碘伏适用于手术部位消毒，手术前刷手消毒以及皮肤擦伤，挫伤消毒。1%浓度的碘伏可以直接涂抹皮肤消毒。2%的碘伏用于外科手术手部消毒。0.5%的碘伏用于阴道炎冲洗治疗。
3.用碘伏要注意安全，对碘伏过敏的人不能用碘伏。碘伏的稀释液不稳定，需要在使用前配制，避免碘伏接触银、铝等。碘伏的原液应当在室温下避光保存。
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